El final de ser John Malkovich explicado

Una escena alucinante al final de la película muestra al titiritero Malkovich, con Craig adentro tirando de sus hilos, operando una compleja marioneta Malkovich. Se vuelve aún más brillante al dejar de suspender la incredulidad y darse cuenta de que es el actor Malkovich, canalizando a Cusack imitando al personaje de Malkovich, operando una versión de títere de sí mismo.

Cuando Craig deja el barco Malkovich, pasa a una vida mucho más simple, adopta el peinado y el vestuario de Lester y se casa con Floris, quien aparentemente nunca envejece. Tras su liberación del subconsciente de Malkovich, Maxine le confiesa a Lotte que ella es el padre del bebé de Maxine. Craig, Lotte y Maxine se reúnen brevemente al costado de la autopista de peaje, pero las mujeres rechazan a Craig y él promete volver a entrar en Malkovich y ganarse el corazón de Maxine nuevamente, sin darse cuenta del hecho de que será relegado a un alma de pasajero en su hija Emily. (Maestro Kelly).

Luego avanzamos otros siete años y vemos a Maxine, Lotte y Emily riéndose junto a la piscina mientras, sin que ellos lo sepan, Craig se sienta irremediablemente atrapado en Emily, incapaz de apartar la vista de la devastadora visión de sus dos ex viviendo juntos.