Tres empresas de biotecnología de Seattle están uniendo fuerzas para apoyar el desarrollo de acceso abierto de software de diseño y plegamiento de proteínas.
El proyecto, denominado OpenFold, reúne a Cyrus Biotechnology, Outpace Bio y Arzeda, startups que desarrollan nuevas proteínas que pueden utilizarse como fármacos o en aplicaciones industriales.
“No tiene sentido que todos nosotros repliquemos el mismo trabajo”, dijo el CEO de Cyrus, Lucas Nivon, a GeekWire. “Especialmente si no le da a ninguna empresa una ventaja competitiva”.
A las tres compañías se unen Prescient Design, un acelerador dentro de Genentech, y el laboratorio de Mohammed AlQuraishi, profesor asistente de biología de sistemas en la Universidad de Columbia. El proyecto cuenta con el apoyo gratuito de Amazon Web Services, y otras empresas y organizaciones están considerando unirse, dijo Nivon.
El consorcio está mejorando AlphaFold2, una herramienta de aprendizaje automático desarrollada por DeepMind de Alphabet que predice cómo las proteínas se pliegan en formas tridimensionales.
Las proteínas son los componentes básicos del cuerpo y la base de numerosos tratamientos. Aprovechar este software promete acelerar el desarrollo de nuevos medicamentos, enzimas y biomateriales.
DeepMind lanzó una versión pública de su herramienta en julio pasado y, desde entonces, varios grupos la han estado desarrollando. AlQuraishi y su equipo lanzaron recientemente una versión, llamada OpenFold, que incorpora conjuntos de datos de entrenamiento actualizados de estructuras de proteínas tridimensionales conocidas, una hazaña que requirió enormes cantidades de tiempo y poder computacional, dijo Nivon.
OpenFold ahora supera ligeramente a AlphaFold2, dijo AlQuraishi en un tuit. También es fácil actualizar OpenFold con nuevos datos, agregar diferentes tipos de funcionalidad y perfeccionar la herramienta. Las áreas específicas de enfoque podrían incluir el diseño de anticuerpos, la predicción de moléculas pequeñas y la comprensión del movimiento de proteínas y conformaciones alternativas.
Nivon compara el nuevo consorcio con Linux, un proyecto de código abierto que permite la creación de nuevo software. Anticipa que algunas de las nuevas herramientas serán de código abierto y otras propietarias.
La atención se centra en AlphaFold2, no en una herramienta similar creada por el Instituto para el Diseño de Proteínas de la Universidad de Washington, que creó Cyrus, Outpace y Arzeda.
“Hasta ahora, la precisión que estamos viendo desde AlphaFold hasta ahora ha sido insuperable”, dijo Nivon. Su equipo, sin embargo, aprovecha otro software derivado de IPD para sus diseños. Y el lanzamiento de la herramienta de IPD impulsó a DeepMind a publicar su versión al mismo tiempo.
Ambas herramientas sorprendieron a la comunidad científica con su velocidad y precisión en la predicción de formas de proteínas, y ganaron el prestigioso premio «Avance del año» el invierno pasado de la revista Science.
El otoño pasado, DeepMind lanzó Isomorphic Labs, una startup para aprovechar su software para el descubrimiento de fármacos. Esa es solo una de las docenas de nuevas empresas de biotecnología centradas en el diseño computacional, incluida Insitro, que obtuvo $ 400 millones en fondos de riesgo la primavera pasada, y Recursion, que obtuvo $ 436 millones en su oferta pública inicial.
OpenFold es un proyecto de la Open Molecular Software Foundation sin fines de lucro y cuenta con el respaldo de Amazon como parte de su Programa de patrocinio de datos abiertos de AWS, que también alberga OpenFreeEnergy y Open Forcefield para respaldar los esfuerzos de diseño de fármacos.
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