El Instituto Allen de Inmunología dio a conocer una nueva plataforma interactiva el miércoles para mostrar el sistema inmunológico humano, el Human Immune System Explorer.
Creado en asociación con Google, el explorador es un lugar central para que los investigadores y el público encuentren herramientas de análisis, recursos y datos. La plataforma se suma al creciente conjunto de herramientas de recursos similares en todo el Instituto Allen, como Allen Cell Explorer y Allen Brain Map.
También es la primera vez que el Instituto Allen aprovecha las ofertas en la nube de Google, como Vertex AI, para construir una plataforma de este tipo. El equipo de Google se reúne semanalmente con investigadores del instituto. “Han estado profundamente comprometidos a trabajar con personas en el Instituto Allen”, dijo Paul Meijer, director de desarrollo de software, base de datos y canalizaciones en el instituto de inmunología.
A medida que la plataforma madure, Meijer anticipa que será ampliamente utilizada por investigadores de inmunología de todo el mundo, quienes agregarán sus datos a la plataforma. Rastreará diferentes tipos de células, moléculas y otros aspectos de la inmunidad en personas sanas y en personas con afecciones como COVID-19 y cáncer. Estas son algunas de las características actuales de la plataforma:
- Protocolos que describen cómo recopilar datos moleculares y clínicos a lo largo del tiempo en la misma persona.
- Una aplicación de visualización de datos llamada TEA-seq que captura tres tipos de datos simultáneamente de células inmunitarias individuales: proteínas en la superficie celular, ARN dentro de la célula e información ‘epigenética’ que sugiere qué genes están activos.
- Una herramienta interactiva de visualización de datos que muestra cómo los retrasos en el procesamiento de muestras afectan a las células inmunitarias.
- Una forma de visualizar múltiples tipos de datos de pacientes desde diferentes puntos de tiempo, llamada PALMO (plataforma para analizar datos multiómicos longitudinales).
En última instancia, la plataforma tiene como objetivo ayudar a simplificar la catalogación, la visualización y el análisis de las enormes cantidades de datos que se recopilan en los estudios humanos del sistema inmunológico. El instituto tiene como objetivo promover la ciencia abierta, colaborativa y multidisciplinaria.
Los investigadores del Instituto Allen, por ejemplo, están involucrados en un estudio que examina el sistema inmunológico en pacientes con COVID prolongado. Los científicos están catalogando las proteínas presentes en la superficie de las células inmunitarias de los pacientes durante el transcurso de la primera infección y durante las semanas posteriores. Recientemente encontraron conjuntos de proteínas asociadas con COVID prolongado que sugieren que algunas personas afectadas tienen altos niveles de inflamación. Esos datos se publicaron recientemente en un estudio de preimpresión y pronto se ingresarán en la nueva plataforma.
En un tuit, el CEO de la nube de Google, Thomas Kurian, dijo que se sintió inspirado por el trabajo de su equipo con el Instituto Allen. “Los últimos años han puesto de relieve la importancia de colaborar para diagnosticar y tratar enfermedades”, dijo.
Un equipo multidisciplinario de científicos de laboratorio y 10 desarrolladores de software construyeron la nueva plataforma durante unos tres años, dijo Meijer. “La ciencia del equipo y el esfuerzo de desarrollo del equipo han sido el verdadero poder que tenemos en el Instituto Allen de Inmunología”, dijo.
Los investigadores también están comprometidos a aumentar la diversidad de sujetos humanos representados en la plataforma. En última instancia, los usuarios pueden filtrar conjuntos de datos según las condiciones preexistentes de las personas, las condiciones sociales u otros factores.
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