Ivan Liachko, CEO de Phase Genomics, se sienta en el laboratorio húmedo del espacio de la compañía en el vecindario South Lake Union de Seattle, donde se decodifica el material genético de todo, desde las fresas hasta el microbioma humano. Desde la pandemia, el laboratorio está operando con un equipo de esqueletos, rotando turnos para minimizar el contacto. (Foto de Kellie Schmitt)

El día a principios de marzo cuando entrevisté al CEO de Phase Genomics Ivan Liachko sabíamos lo suficiente sobre el emergente coronavirus como para no saludarse con un apretón de manos. Phase acababa de pedirles a sus empleados que trabajaran desde su casa ese día, y su oficina de South Lake Union y su laboratorio húmedo estaban en silencio con un amplio estacionamiento en frente.

El “distanciamiento social” aún no había entrado en el léxico, así que caminamos de lado a lado mientras hablaba por el café mientras Liachko explicaba cómo la tecnología genómica de Phase está ayudando a los investigadores a hacer descubrimientos innovadores en todo el mundo.

Liachko también describió la creciente base de clientes de la spin-off de la Universidad de Washington de cinco años, una nueva subvención financiación y su deseo de apoyar y fomentar nuevas empresas genómicas en una región madura para el crecimiento.

Ahora, casi tres meses después de esa reunión inicial, todo el panorama ha cambiado. Mientras que Phase Genomics de 16 personas no ha hecho despidos y solo un permiso, los ingresos de la compañía se han visto afectados y la pandemia los ha obligado a volverse hacia adentro, dijo Liachko en una reciente videoconferencia de construcción comunitaria con sus colegas líderes en ciencias de la vida, el Dr. Jesse. Salk de TwinStrand y Alice Ly de Alexandria LaunchLabs.

La historia de Phase ilustra la rapidez con que la pandemia ha interrumpido el sector biotecnológico de rápido crecimiento de Seattle y cómo las compañías como Phase están ajustando su tecnología a un mundo cambiado, y posiblemente ayudando con COVID-19 en el proceso.

“Estos tiempos presentan una oportunidad para concentrarse realmente en el núcleo y simplemente entrar y comenzar a innovar como locos”, dijo Liachko. “¿Cómo podemos adaptarnos para que, cuando salgamos de esto, en realidad seamos más fuertes?”

Centrándose en el núcleo

Incluso antes de que la atención del mundo se fijara en un coronavirus microscópico puntiagudo, Phase Genomics había estado cartografiando y analizando los genomas de todo, desde virus y bacterias hasta plantas, animales y hongos.

“Estamos haciendo el genoma humano, pero también esa ostra, ese perro, ese babuino”, me dijo Liachko esa mañana de marzo, señalando a la vívida Fotografías en la pared. “Todos tienen historias funky detrás de ellos, cada proyecto es su propia historia”.

Ivan Liachko con fotografías que representan la amplia variedad de proyectos que realiza la empresa. (Foto de Kellie Schmitt)

Está la caca de orca que se analizó para determinar la resistencia a los antibióticos, los piojos que viven en el salmón en Chile y el virus que amenaza los arándanos. En una mesa cercana, una bolsa de plástico llena de un grupo de tréboles de cuatro hojas aguardaba su análisis de laboratorio.

La compañía analiza especímenes y envía kits (los paquetes de dos paquetes comienzan en $ 1000) a más de una docena de países. que los científicos pueden usar la tecnología en sus propios laboratorios, desde el trabajo sobre la resistencia a los antibióticos en las aguas residuales de la Universidad de Idaho hasta la investigación sobre la roya del trigo en Australia.

El problema con la secuenciación del genoma es que toma ADN del genoma y lo tritura en pequeños pedazos; Tú lees las piezas. Imagine un plano para una casa que se ha desgarrado en un millón de fragmentos, luego se compacta y se mezcla.

“Si piensa en ese plano, nuestra tecnología le dice qué piezas están cerca una de la otra”, explicó Liachko. “Si sabes qué secuencias están cerca y cuáles están lejos, puedes reconstruir el plano”.

Y, si los científicos entienden mejor el diseño de una especie, pueden encontrar y resolver vulnerabilidades con mayor facilidad, avanzando significativamente en su investigación. [19659009] “Un cambio de juego completo”

Tome la roya del trigo, una enfermedad fúngica destructiva que amenaza la fuente de alimentos en todo el mundo.

Las últimas dos décadas han visto brotes crecientes de hongos virulentos de la roya del trigo, una infección que puede propagarse rápidamente y cubrir largas distancias a través de esporas en el aire. La enfermedad destructiva puede dejar campos infectados sin rendimiento útil de trigo, explicó Benjamin Schwessinger, investigador de la Universidad Nacional de Australia.

Después de ver una mención de la tecnología de Phase en Twitter, Schwessinger estaba intrigado y un poco escéptico. Antes de estos kits, un proceso similar requería alrededor de 50 enzimas diferentes.

Phase envía sus kits de genómica a más de una docena de países de todo el mundo, donde los científicos están utilizando la tecnología para hacer nuevos descubrimientos de investigación. Los precios del kit comienzan en $ 1000. (Foto de Kellie Schmitt)

“Inicialmente, no lo creía, no pensé que el kit funcionaría”, dijo. “Pero ahora creo que es un cambio de juego completo”.

Después de usar el kit, los investigadores conectaron cepas resistentes en partes dispares del mundo y comprendieron mejor su funcionamiento distinto, como los dos núcleos drásticamente diferentes de los hongos de la roya. Ese descubrimiento está acelerando su proceso de investigación.

Ahora, la esperanza es que puedan detectar mejor los patógenos existentes, avisando a los agricultores si es más probable que sus cultivos se infecten, y si usar fungicidas. En el futuro, la información podría usarse para unir patógenos con variedades de trigo, permitiéndoles reproducir cultivos resistentes.

“Es un poco como navegar alrededor del mundo hace 300 años y descubrir nuevos continentes”, dijo Schwessinger. “Es un descubrimiento completamente nuevo”.

Adaptación a los tiempos cambiantes

Desde ese día, a principios de marzo, el espacio de oficinas y el laboratorio de la fase South Lake Union han permanecido prácticamente vacíos. El personal computacional puede trabajar fácilmente desde su casa y el laboratorio cuenta con un horario rotativo para minimizar las interacciones en persona.

La pandemia ha provocado innumerables interrupciones. Los vendedores no pueden estar en el campo y el sólido calendario de conferencias de Liachko, una gran fuente de trabajo en red, se ha borrado.

Liachko se preocupa por las finanzas y si las ventas alguna vez se recuperarán. Además, ¿cómo vende y comercializa los kits si ni siquiera puede ir a conferencias?

“Solo puede obtener tanta tracción de Twitter”, dijo.

[19659003] Sin el horario agobiado, sin embargo, la compañía se está volviendo hacia adentro y está considerando: ¿Qué debemos hacer con nuestro tiempo? ¿Qué estamos desarrollando? ¿Cómo encontramos nuevas fuentes de ingresos? ¿Cómo podemos adaptarnos para salir aún más fuertes?

La compañía ha sido financiada principalmente por ingresos y subvenciones, no por capital de riesgo, como un paso intencional para mantenerse científicamente independiente.

En medio del nuevo clima, no hay nuevas contrataciones planificadas y mucha escritura de subvenciones: “Creo que mucha gente está escribiendo subvenciones como locos”, dijo Liachko. (En general, la compañía ha recibido $ 3.5 millones en fondos de subvención que incluyen dinero del NIH para desarrollar un kit para vincular genes de resistencia a los antibióticos con sus anfitriones y fondos de la Fundación Bill y Melinda Gates para trabajar en un nuevo modelo computacional del genoma). [19659003] El lado positivo en el aislamiento forzado ha sido un enfoque renovado en su esfuerzo de investigación y desarrollo que se ha ralentizado a medida que servían a una creciente base de clientes.

Por un lado, están trabajando en una forma de usar su tecnología para descubrir nuevos virus del medio ambiente Y están trabajando en formas de aplicar su plataforma existente a los esfuerzos de COVID-19 en áreas como la genética humana. Dado que su método mejora el descubrimiento de microbiomas, podría ayudar a identificar los factores que mejoran la respuesta inmune a las infecciones por coronavirus.

Pivotar a un desafío global

La respuesta de la fase a la pandemia no es inusual en la industria de las ciencias de la vida de Washington, dijo Leslie Alexandre. , el presidente y CEO de Life Science Washington, una asociación comercial sin fines de lucro.

Life Science Washington CEO Leslie Alexandre. (Life Science Washington Photo)

“Casi todas las empresas cuya tecnología se puede aplicar a COVID-19 han girado al menos parte de su I + D a este desafío global”, dijo.

Financiación para diagnósticos, terapias COVD-19 Las vacunas y la fabricación biológica, así como la investigación de inmunología y virología subyacente, está saliendo del gobierno federal y las organizaciones de salud global, dijo. Y recurrir a la concesión de fondos en estos difíciles tiempos financieros es una estrategia inteligente.

“Cada vez que una empresa, particularmente una tan joven como Phase Genomics, puede obtener ingresos no dilutivos en forma de una subvención para continuar con su I + D , es una gran cosa “, dijo.

En el futuro, las cosas probablemente serán diferentes, incluso en un mundo posterior a la pandemia”, reconoció Liachko en la reciente llamada de video. Pero no tienen que ser malos. Esta podría ser una oportunidad para presentar cosas que serán aún más interesantes, dijo.

Quizás, entonces, sus comentarios finales de nuestra reunión de marzo fueron aún más profundos de lo que sabíamos en ese momento: “Nuestra tecnología realmente se trata de yendo a lo desconocido, descubriendo cosas que otros no pueden descubrir. ”

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